發酵工程是一項應用范圍極廣、也是極具發展潛力的生物技術，與人們的日常生活息息相關，一些發達國家的發酵工業總產值占到國民生產總值的5%，發展前景廣闊。

發酵工業是以含淀粉（或糖類）的農副產品為原料，利用現代生物技術對農產品進行深加工、生產高附加值產品的產業，主要包括氨基酸、有機酸、淀粉糖、酶制劑、酵母、多元醇以及功能發酵制品等行業。“十一五”期間，在國家產業政策指導下，隨著科技創新和技術進步、科技推廣應用和產業化步伐的加快，發酵工業產品空間進一步拓展，產品產量、質量穩步提高，節能減排取得初步成效，自主創新能力進一步提高，行業知名度及形象也進一步提升。

就產值而言，生物發酵產業在生物制造產業所占比重大約80%以上。目前我國生物制造業以生物發酵產業為主，生物基材料等方面還處于起步階段。生物發酵是生物基材料和精細化學品加工業的基礎，而后者是做大做強現代生物發酵產業的必然。2011年，我國生物發酵產業產品產量達到1800萬噸，產值為1900億元。而在2005年，兩者數據分別為800萬噸、400億元。產品種類也從此前三大類50多種發展到現在七大類300多種。氨基酸、有機酸、淀粉糖已處于世界領先主導地位。

據統計，2006-2012年，我國發酵工業主要產品的平均年增長率維持在11%以上，而出口總量年均增長率更是達到18%以上。僅以2012年為例，我國發酵行業主要產品出口總量就高達300萬噸以上，出口總額近32億美元。并且，國內發酵行業企業在研發投入上，也是不惜“大手筆”投入。多數企業研發投入約占銷售收入的4.5%，有的可達10%以上。發酵產業聯盟、4個國家級工程研究中心、6個行業專項技術研究中心等創新機構得以建立。

目前，我國發酵產業集群正在發展，已形成以原料主產區為主的區域布局。其中，氨基酸、有機酸和淀粉糖行業主要集中在山東、東北三省、內蒙古、河北等地；酶制劑行業大多分布在江蘇、湖南、湖北和山東；酵母行業則以湖北、廣東、廣西和安徽為主。預計到2015年生物發酵產業總產值要達到4600億元以上。年均增長率要達到15%以上。要培育5家銷售收入超過100億元的生物發酵企業，10家以上銷售收入超過50億的生物發酵企業。以功能糖、多元醇、酶制劑、藥用氨基酸等為代表的高成長性、高附加值發酵制品的比重由2011年的60%提高到70%以上，其中味精、檸檬酸等產品比重由2011年的24%下降到18%以下。

我國酵素行業現狀比較權威和大型的活動有幾個地方， 2017第5屆中國北京國際酵產品素展覽會和2017第三屆亞洲國際酵素產業博覽會暨酵素OEM展，引人注目的是上海的酵素展在2016年9月的成功舉辦后，獲得龐大的有價值數據完美融合和促進各品牌成長，為了延續其影響力于2017年10月25日再次舉辦。展會將促進我國酵素產業的整體水平，科學規范引導酵素產業發展，提升我國酵素產業的社會形象和行業地位，推進我國酵素產業更加健康有序發展。

大多數行業人士均認為，發酵行業的發展速度和規模受人矚目，但也存在一些問題，集中表現在水污染、空氣污染和惡性競爭等方面。對此，中國生物發酵產業協會相關負責人在大會報告中特別指出，食品發酵是輕工系統中僅次于造紙工業的第二大COD排放行業，發酵工業的廢水、廢渣漕中含有豐富的蛋白質、氨基酸、糖類和多種微量元素，需要進行環保治理。發酵工業中以檸檬酸、味精和酵母發酵產生的有機廢水量較大，去年由于污水的問題，味精產品被排除在“中國名牌”的評選之外。不久前，河北梅花味精廠專門進行了環保設備的改造并通過了國家有關部門的驗收。目前，行業已經制定和實施了“檸檬酸工業污染排放標準”、“味精工業污染物排放標準”，同時，“酵母工業污染物排放標準”也正在制定中。

對于部分地區由于發酵工業產能發展過快，有些品種增長的速度超過了市場需求帶來低價競爭的局面，吉林石油化工設計研究院的王東升認為，這種現象與地區的經濟發展有緊密關系。部分地區產品結構不盡合理，進入門檻比較低，小型企業加工轉化率不高，造成一些產品進入市場存在壓價競爭的局面。業內人士認為，需要抬高整個行業的標準，對生產設備和工藝技術加以規范管理，加強對廢水（物、氣）的治理，建設資源節約型的發酵工業，促成企業走上環境友好型和可持續發展之路。